До 1964 года школа-интернат работала на станции Мерзлотная. Приказом №63 от 29.05.1964 года была открыта новая государственная восьмилетняя школа-интернат №3 на станции Вихоревка. Строительство здания осуществляло СМП -274. Первым директором школы-интерната работал Лузан С.А. В школе обучалось 360 детей с 20 линейных станций.
Указанием Министерства путей сообщения № П-19 Ву от 18.07.1989 года восьмилетняя школа-интернат №3 станции Вихоревка реорганизована в среднюю. Первый выпуск за курс средней (полной) школы был в 1991 году. Возглавляла школу Назарова Л.В. Школа – интернат состояла тогда из учебного корпуса, столовой и жилого корпуса, которые были соединены теплым переходом.
В 1990 году к старым зданиям был пристроен новый спальный корпус на 100 мест.
На основании решения совета директоров ОАО «РЖД» от 26 января 2004 года (протокол №1) и распоряжения Президента ОАО «РЖД» Г.М. Фадеева от 16 февраля 2004 года №751р на базе школы-интерната №3 ВСЖД создана негосударственная общеобразовательная школа-интернат №25 среднего (полного) общего образования ОАО «РЖД». Школа-интернат является юридическим лицом, имеет самостоятельный баланс, собственные банковские счета и т.д.
На основании решения совета директоров ОАО «РЖД» от 30 апреля 2004 года (протокол №6) и распоряжением Президента ОАО «РЖД» Г.М. Фадеева утвержден устав негосударственной школы-интерната №25 среднего (полного) общего образования ОАО «РЖД».
В соответствии с Законом РФ «Об образовании» распоряжением Президента ОАО В.И. Якунина №1175р от 26 июня 2007 года школа-интернат №25 была переименована в негосударственное общеобразовательное учреждение «Школа-интернат №25 среднего (полного) общего образования открытого акционерного общества «Российские железные дороги». В распоряжении утверждены изменения, которые внесены в Устав образовательного учреждения.
Сегодня РЖД лицей №13 — это современное, динамично развивающееся образовательное учреждение, в котором обучается более 400 учеников. При активной поддержке ОАО «РЖД» лицей оснащается новейшими образцами технических средств обучения, а педагоги имеют возможность постоянно повышать квалификацию в лучших образовательных учреждениях России. Ученики школы-интерната постоянно участвуют в творческих и интеллектуальных конкурсах, а также в научно-практических конференциях различного уровня, стабильно показывая достойные результаты. Возглавляет РЖД лицей №13 директор Банных Нина Леонидовна.
